Первым делом стоит сказать, что wp-sitemap.xml создаётся не всегда. Для его создания необходимо расширение для PHP SimpleXML. Если вы его не используете, то можете и не предпринимать дополнительных действий.
Держат нос по ветру и разработчики плагинов, с помощью которых в WordPress традиционно формируют карты сайтов. Например, разработчики плагина Yoast SEO внедрили функцию отключения wp-sitemap.xml. А вот в том же Google XML Sitemaps пока что о такой функции не заявлено.
Как бы то ни было, но новые функции CMS нуждаются в тестировании. Если вам пока не до того или нет желания, отключить wp-sitemap.xml можно, добавив в файл functions.php вашей темы следующую строку:
add_filter( 'wp_sitemaps_enabled', '__return_false' );
После этих манипуляций можно не бояться появления второй карты сайта.
Также я рекомендую использовать Google Searche Console и Яндекс.Вебмастер для того, чтобы отслеживать, как поисковые системы обрабатывают карту вашего сайта.